Probenvorbereitung

Die Charakterisierung eines Proteoms stellt die unterschiedlichsten Herausforderungen für die Analytik dar. Zum einen handelt es sich bei einem Proteom um ein höchst komplexes System unterschiedlicher Proteine mit einem enorm großen dynamischen Konzentrationsbereich (bis zu 10 Größenordnungen). Zum anderen unterliegt das Proteom basierend auf den unterschiedlichsten Umwelteinflüssen (Temperatur, Chemikalien, Bestrahlung etc.) und Zeitpunkten andauernden Veränderungen (posttranslationale Modifikationen, Proteinproduktion bzw. -abbau etc.). Aus diesem Grund ist es für die Beschreibung eines Proteoms von übergeordneter Wichtigkeit diese Bedingungen zu kennen bzw. konstant zu halten. Für die Probenvorbereitung bis zur abschließenden massenspektrometrischen Analyse setzt dies eine hohe Reproduzierbarkeit voraus. Am Molecular Proteomics Laboratory werden zur Probenvorbereitung folgende Methoden eingesetzt, die es erlauben biologische Probe reproduzierbar und gezielt aufzuarbeiten:

  • Mikrodissektion
  • Immunpräzipitation
  • Ultrafiltration
  • FACS
  • Fraktionierung von Organellen
  • Membranisolierung
  • Tandem Affinity Purifcation (TAP)
  • TiO2 -Anreicherung
  • Anreicherung von Cystein assoziierten PTMs