MS²

Liegen komplexe Proteinmischungen vor oder möchte man die Sequenz einzelner Peptide für die detaillierte Charakterisierung von z.B. posttranslationalen Modifikationen (Phosphorylierung, Acetylierung, Ubiquitinierung etc.) bestimmen oder möchte man Proteine von Organismen mit unbekanntem Genom per de novo Analyse identifzieren, können die proteolytischen Peptide im Massenspektrometer fragmentiert werden. Hierbei wird, nach erfolgter Gesamtmassenbestimmung, das Peptidion durch energetische Anregung sowie Kollision mit Gasmolekülen in seine Einzelbestandteile zerlegt. Die Fragmentanalyse basiert auf der Tatsache, dass Peptide je nach eingesetzter Fragmentierungstechnik (hierbei stehen mit CID, HCD, ETD etc. diverse Möglichkeiten zur Auswahl) überwiegend an definierten Stellen im Peptidrückgrat brechen.  Die Massenbestimmung der resultierenden Bruchstücke liefert nun die benötigten Informationen um die ursprüngliche Sequenz zu rekonstruieren. Auf diese Weise können z.B. auch Informationen über die Lokalisation einer posttranslationalen Modifikation gewonnen werden.