PMF

Ist das Genom des untersuchten Organismus bekannt, kann die Proteinidentifizierung anhand des Peptide Mass Fingerprints (PMF) durchgeführt werden. Hierzu wird durch chemische oder enzy­matische Proteolyse der zu analysierenden Probe ein Gemisch aus Peptiden gewonnen und mittels Massenspektrometrie vermessen. Das dabei entsehende Signalmuster der Peptide ist, wie ein Fingerabdruck, charakteristisch für das verdaute Protein. Über einen Datenbankabgleich dieser PMF-Spektren mit bekannten und vorhergesagten Sequenzen erfolgt anschließend die Identifizierung. Je nach Massengenauigkeit können Proteine bereits aufgrund weniger Daten (3 bis 10 Peptidmassen) signifikant identifiziert werden. Der Nachteil von PMF ist, dass sich in komplexeren Proben die Anzahl der zu analysierenden Moleküle derart erhöht, dass eine PMF-Analyse nicht mehr durchführbar ist. Daher eignet sich diese Methode in erster Linie für niedrig komplexe Proteinmischungen  (ein bis drei Proteine).