Label-free

Die labelfreie Quantifizierung kommt, wie der Name schon vermuten lässt, ohne eine zusätzliche Markierung der Analyten aus. Grundlage bildet die Tatsache, dass Peptide zwar unterschiedlich gut ionisierbar sind, die Signalintensität eines Peptids im Massenspektrometer aber dennoch mit seiner Konzentration in der Probe korreliert. Somit ist es möglich anhand seiner Signalintensität (genauer: der Fläche unter der Kurve)  ein bestimmtes Peptid über mehrere Proben hinweg relativ zu quantifizieren. Voraussetzung dieser Methode sind eine sehr gut reproduzierbare Chromatographie sowie Massenspektrometrie. Andere Ansätze nutzen nicht direkt die MS-Signalintensität, sondern die Anzahl der identifizierten Spektren je Peptid. Dies schließt die zusätzliche Annahme mit ein, dass die Chance einer datenbankbasierten Identifizierung  eines Peptides mit seiner Konzentration in der Probe steigt.

Vorteile dieser Art der Quantifizierung sind ihr sehr sparsamer Materialverbrauch (200-500 ng je Probe), niedrige Kosten verglichen mit label-basierten Ansätzen und ist durch den Wegfall eines Markierungsschritt schneller durchführbar. Sie eignet sich besonders wenn eine größere Anzahl von Proben quantifiziert werden sollen und/oder, wie im Falle von z.B. humanem Gewebe, ein metabolisches Labeling nicht in Frage kommt.

 

Literatur

Quantitative profiling of proteins in complex mixtures using liquid chromatography and mass spectrometry. Chelius D et al. J Proteome Res. (2002) Jul-Aug;1(4):317-23.

Quantitative proteomic analysis by accurate mass retention time pairs. Silva JC et al. Anal Chem. (2005) Apr 1;77(7):2187-200.