2D-DIGE

Das Molecular Proteomics Laboratory unterstützt Sie bei der Durchführung von differentiellen Proteomstudien mithilfe der Differential Gel Elektrophoresis (2D-DIGE-Minimal-Labelling). Am Molecular Proteomics Laboratory sind sowohl die Immoblin- als auch Trägerampholyt-basierte Isoelektrische Fokussierung etabliert. Je nach Fragestellung (gespreizte pH-Gradienten oder Groß-Gele) werden diese zur Analyse komplexer Proteinmischungen (Zellkultur, Gewebe, Körperflüssigkeiten etc.) eingesetzt. Für die erfolgreiche Durchführung einer 2D-DIGE-Studie sind folgende Punkte zu beachten: 

  • Bitte kontaktieren Sie das MPL vor der Durchführung des Experiments.
  • Klären Sie die genauen Experimentbedingungen ab.
  • Können 5- 10 biologische Replikate zur Verfügung gestellt werden?
  • Kann ausreichende Probenmengen (mind. 50 -100 µg)  pro Replikat zur Verfügung gestellt werden?
  • Ist eine reproduzierbare Probengewinnung etabliert? 

Für die Planung der Studie sind Vorexperimenten notwendig. Wenn diese durchgeführt sind, wird im Anschluss die DIGE-Studie durchgeführt. Nach der Gelelektrophorese werden die 2D-Gel-Muster mittels Fluoreszenzscanner akquiriert und per Bildauswertesoftware (Decyder) analysiert. Für die Identifizierung der differentiellen Proteine per LC-ESI-MS/MS können präparative Gele  (200 - 400 µg Protein) erstellt werden.

Am Molecular Proteomics Laboratory ist auch die Durchführung von Experimenten mit Sättigungsmarkierung möglich, der Aufwand der individuellen Abstimmung auf die Probe ist im vorhinein schlecht kalkulierbar. Daher werden diese Experimente nicht als Serviceleistung angeboten. Eine Bearbeitung von Fragestellungen auf Kooperationsbasis ist dennoch möglich. 

Für die genaue Planung und Kostenkalkulation kontaktieren sie bitte Prof. Kai Stühler. Da eine DIGE-Studie im Schnitt 8-10 Wochen dauert, können am MPL nur eine begrenzte Anzahl von DIGE-Studien durchgeführt werden.