Elektrophorese

Neben der klassischen Laemmli-SDS-PAGE verfügt das Molecular Proteomics Laboratory über eine umfassende Ausstattung zur Durchführung der zweidimensionalen Gelelektrophorese (2D-PAGE).

 

Selbstbau für Tägerampholyt-basierte isoelektrische Fokussierung

 

Mit diesem Selbstbau ist es möglich IEF-Röhrchengele zu generieren, die es erlauben Proteine nach ihrem isoelektrischen Punkt im pH-Bereich 2-9 auf einer Strecke von 8-40 cm (Mini- bis Large-Gel- Electrophoresis) zu separieren.

Nach dem Ausstoßen der Röhrchengele werden diese dann zur Auftrennung nach dem apparenten Molekuargewicht auf ein SDS-PAGE-Gel (2. Dimension) gelegt.

 

 

 

 

 

Multiphore II (Immobilin-basierte isoelektrische Fokussierung)

Alternativ kann die Multiphore II Apparatur (GE-Healthcare) für die Auftrennung von Proteingemischen und Proteinisoformen eingesetzt werden. Auch hier können bis zu 12 IPG-Streifen gleichzeitig für die isoelektrische Fokussierung verwendet werden.

 

 

 

 

 

 

 

Ettan IPGphor 3 (Immobilin-basierte isoelektrische Fokussierung)

 

Das Ettan IPGphor 3 System (GE Healthcare) eignet sich für die Auftrennung von Proteine mit Hilfe von immobilisierten pH-Gradienten (IPG Streifen). 12 IPG Streifen in Größen von 7 – 14 cm können mit Hilfe des Gerätes parallel prozessiert werden. Nach der isoelektrischen Fokussierung von Proteinen oder Proteingemischen kann direkt die Auftrennung in einer zweiten Dimension (z.B. nach Größe mittels einer konventionellen SDS-PAGE) erfolgen.

 

 

 

Agilent 3100 Offgel Fractionator


Mit Hilfe des 3100 OFFGEL Fractionators (Agilent) können Peptid- und Proteingemische nach ihrem isoelektrischen Punkt aufgetrennt werden. Das Gerät arbeitet auf Basis von IPG Streifen, nach Auftrennung der Proben liegen die einzelnen Fraktionen in Lösung vor und können direkt z.B. für massenpektrometrische Analysen vorbereitet werden. Somit eignet sich das Gerät sowohl für analytische Fragestellungen als auch für die Fraktionierung zur Verminderung der Komplexität bei multidimensionalen Auftrennungsansätzen. Es können bis zu 16 Proben und Mengen von 50 µg bis 5 mg parallel prozessiert werden.

 

 

SDS-PAGE (2. Dimension)

 

Für die Auftrennung von Proteinen nach ihrem apparenten Molekulargewicht in einem Bereich von 5- 150 kDa können 4 Gelapparaturen der Firma Desaga (Sarstedt) parallel eingesetzt werden. Dies ermöglicht es gleichzeitig bis zu 8 Gele im Format 20x30 cm zu prozessieren.

 

Typhoon



Der Laserscanner Typhoon 9400 (GE Healthcare) enthält 3 verschiedene Laser, mit denen sich Farbstoffe mit 3 verschiedenen Wellenlängen anregen lassen. Er ist geeignet 2D-DIGE Gele (bis zu einem Format 20x40 cm) zu scannen, in denen 3 verschiedene Proben in einem Multiplexansatz Ko-Separiert wurden.